磁力泵在运转时，转动部件会产生机械热，无轴封设计的磁力泵，能够利用自身输送流体来进行散热，泵头内部转动磨损部件，也能通过自身润滑系统（泵送液体）进行润滑冷却。空运转状态下，磁力泵腔室内无流体进入，抽吸阀可能处于闭合状态，泵内不存在任何正压，此类异常操作，将会造成泵头内部温度上升，可能会对磁力泵内部零件造成严重损害。
为了防止此类故障，建议采取以下对策：
-安装在泵抽吸液体的水平面以下
-启动前请确认磁力泵内部已充满液体
-不要在无液体情况下运行泵
-使用防止空转装置
-安装流量传感器或压力传感器以监测异常
磁力泵输送的流体，同时承担着润滑剂和冷却液的作用，空转时，轴承和泵头及其他部件可能会过热并最终受损。一旦泵部件受损，将需要进行维修或更换。对于磁力泵需安装在抽吸液体水平面以上的，可选自吸式磁力泵。